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No se si el software evoluciona, pero las plantas SI!!

Integrantes del Proyecto

Rafael Mac Donough, Gustavo Sznaider, Claudio Ghersa

Aquí presentamos un proyecto con el que pretendemos simular procesos evolutivos, como para ver si aprendemos algo.

Este archivo sirve para tener el proyecto al día. Es un archivo de Squeak. Hay cosas por corregir, pero esta versión funciona relativamente bién.
Plant-Syndromes-Evolution.st

En este momento estamos trabajando en una refactorización, todavía está verde pero el modelo de las plantas lo consideramos mucho mejor. Este es el archivo que contiene las clases necesarias de la refactorización.Plant-Simulator.st


Para correr el modelo tiene que instalar además este otro archivo que le permitirá ver algunas salidas del mismo. Es un graficador diseñado por Diego Gomez Deck y lo puede encontrar en http://minnow.cc.gatech.edu/squeak/2626
Plot-Morph.st

Seguidamente encontrará algo de información del proyecto. Aunque aún está muy incompleto puede ayudar.

Algunas cuestiones pendientes (las principales).

1) Hay un error cuando empiezan a reproducirse las plantas. Le manda un mensaje a un individuo que no existe en la simulación. Habría que revisar que está pasando con la creación y remoción de individuos de la simulación. Quizás el become: ??
2) Hay que mejorar la simulación del agua en el suelo. (sólo contempla lo que ocurre en el estrato muy superficial). Refactorizar.
3) Hay que mejorar la simulación de la marcha de temperaturas. (está hecho como para poder jugar, pero trucho). Refactorizar.

PROJECT: Plant-Syndromes-Evolution

AUTOR:
Rafael Mac Donough
CONSULTOR EN PROGRAMACION SMALLTALK:
Gustavo Ariel Sznaider
CONSULTOR EN ECOLOGIA DE MALEZAS:
Claudio Marco Ghersa

OBJETIVO DEL PROYECTO:
En este proyecto queremos simular la dinámica de un banco de semillas de malezas para hacer predicciones evolutivas acerca del mismo.

ANTECEDENTES:
Trabajo de Intensificación para optar por el título de Ingeniero Agrónomo "EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA GERMINACION Y ESTABLECIMIENTO DE MALEZAS EN AMBIENTES CON LIMITACIONES HIDRICAS". Autor: Rafael Mac Donough, Director: Claudio Marco Ghersa

INDICE:
1) Estructura de clases
2) Expresiones útiles

1) ESTRUCTURA DE CLASES

SynClima
SynGenoma
SynVegetableIndividual
SynSimulation

2) EXPRESIONES UTILES

Para iniciar una simulación evalue con DoIt la siguiente expresión:

|simulacion|
simulacion _ SynSimulation newSeedsAtRandom: 10.
simulacion explore.

Para simular el paso de un día evalúe con DoIt:
simulacion step.

Para simular el paso de varios (5 en este caso) dias:
simulación steps: 5

Para iniciar un nuevo genoma(1) puede hacerlo de cualquiera de las siguientes maneras dependiendo del genoma que usted quiera crear:
( SynGenoma new: #coupled ) inspect
( SynGenoma new: #uncoupled ) inspect
( SynGenoma new: #nonDormant ) inspect

(1) Genoma es diferente a genotipo. El genoma es una instancia de la clase SynGenoma, incluye toda la información del genoma (tiene muchos loci). El genotipo, en cambio, es el mombre (aDormanyGenotype) que le damos a un locus del genoma (el locus 'dormancy') que determina la lógica del mecanismo de dormición de la semilla.